Der KTK-Bundesverband ist ein eingetragener Verein. Seine Politik, seine Aufgaben und inhaltlichen Schwerpunkte der Arbeit werden von den Mitgliedseinrichtungen bestimmt. Deshalb legt der KTK-Bundesverband Wert darauf, dass die Mitgliedseinrichtungen zu seinen Stellungnahmen, politischen Positionen, Publikationen und Veranstaltungen Rückmeldungen geben. Wichtig ist dem Verband auch die Mitarbeit von Vertreter(inne)n seiner Mitgliedseinrichtungen in KTK-Arbeitsgruppen und im Beirat der Fachzeitschrift Welt des Kindes, die vom KTK-Bundesverband herausgegeben wird. Der KTK-Bundesverband baut kontinuierlich die Kommunikationswege zu seinen Mitgliedseinrichtungen aus, um ein Forum für den Austausch von Erfahrungen, Ideen und Voschlägen zu schaffen.
Die Mitgliedseinrichtungen des Fachverbandes nehmen ihre Möglichkeiten zur Mitbestimmung vor allem wahr durch ihre Vertretung in den Organen des Verbandes.

Diese Organe sind die Bundesdelegiertenversammlung, der Verbandsrat und der Vorstand mit Amtszeiten von je vier Jahren.

Um seine Dienstleistungen besser auf die Belange und Wünsche der Mitgliedseinrichtungen vor Ort abzustimmen und um ihnen mehr Möglichkeiten der Partizipation und Mitbestimmung zu bieten, ist der KTK-Bundesverband bestrebt, ortsnahe Strukturen zu errichten. Es hat sich gezeigt, dass regionale KTK-Arbeitsgemeinschaften, KTK-Diözesan- und Landesverbände am ehesten geeignet sind, den Interessen der Mitgliedseinrichtungen in den Regionen und Diözesen zu entsprechen. Diese Gliederungen des KTK-Bundesverbandes haben jeweils eigene Satzungen und Organe und agieren weitgehend autonom, stets aber in Abstimmung mit dem KTK-Bundesverband.